s
f i y S
Matematički model imuniteta stada. Dani, koeficijenti, širitelji zaraze, zaraženi, oporavljeni. Žrtve

27. ožujka 2020. / čita se 3 minute

Zvonimir Šikić

koronavirus

Matematički model imuniteta stada. Dani, koeficijenti, širitelji zaraze, zaraženi, oporavljeni. Žrtve

Problem je točno procijeniti parametre β i γ koji se pojavljuju u ovom modelu epidemije, piše Zvonimir Šikić. Problem je dakle procijeniti broj kontakata kojima se širi zaraza, kao i broj onih koji je prevladaju ili joj podlegnu. Najjednostavnije rečeno, kako u populaciji raste omjer onih koji su prošli zarazu tako se smanjuje mogućnost njezinog širitelja da nekog zarazi

Matematički model imuniteta stada. Dani, koeficijenti, širitelji zaraze, zaraženi, oporavljeni. Žrtve

Problem je točno procijeniti parametre β i γ koji se pojavljuju u ovom modelu epidemije, piše Zvonimir Šikić. Problem je dakle procijeniti broj kontakata kojima se širi zaraza, kao i broj onih koji je prevladaju ili joj podlegnu. Najjednostavnije rečeno, kako u populaciji raste omjer onih koji su prošli zarazu tako se smanjuje mogućnost njezinog širitelja da nekog zarazi

  • Naslovna fotografija: Prazan Stradun, ulica u gradu koji je izmislio karantenu (The Dubrovnik Times)

S obzirom da se projekcije razvoja epidemije temelje na matematičkim modelima pokušat ću objasniti najjednostavniji matematički model širenja zaraze koji je temelj svih složenijih i preciznijih modela. (Ako se plašite formula samo preletite preko njih.)

Označimo sa S(t) broj ljudi koji su na dan t podložni infekciji, s I(t) broj infektivnih na taj dan i s R(t) broj onih koji su prebrodili infekciju i na taj dan više nisu infektivni (tu spadaju i umrli). Kratice dolaze od engleskih termina susceptible, infected i resistant, a mi ćemo ih zvati sumnjivima, inficiranima i rezistentnima. Model koji opisujem iz očitih se razloga zove SIR model.

Ako je N ukupni broj ljudi u populaciji koju promatramo onda sa s(t) označavamo dio populacije koji je sumnjiv na dan t. Drugim riječima s(t) =S(t)/N. Analogno, dio populacije koji je infektivan na dan t označavamo s i(t), a dio populacije koji je rezistentan na dan t označavamo s r(t). Drugim riječima i(t) =I(t)/N i r(t) =R(t)/N. Dakle, svaki dan t vrijedi:

S(t) + I(t) + R(t) = N

tj.

s(t) + i(t) + r(t) = 1 (1)

Pretpostavimo da svaki inficirani prosječno u jednom danu (dt = 1) ima β opasnih susreta u kojima može prenijeti infekciju. Tada će on od dana t do sljedećeg dana t +dt inficirati βs(t) sumnjivih. Dakle, on će βs(t) sumnjivih prevesti u inficirane. Ukupni broj sumnjivih smanjit će se za βs(t) I(t) jer je na dan t infektivnih ukupno I(t). Dakle ukupna promjena sumnjivih u tom danu je:

dS = -βs(t) I(t) dt

tj.

ds/dt = -βs(t) i(t) (2)

Pretpostavimo nadalje da se u jednom danu oporavi (ili umre) γ-ti dio inficiranih, koji time postaju rezistentni. Tada je ukupna promjena rezistentnih u tom danu:

dR = γI(t) dt

tj.

dr/dt = γi(t) (3)

Iz (1) slijedi

ds/dt + di/dt + dr/dt = 0 (4)

Iz (2), (3) i (4) slijedi

di/dt = -ds/dt – dr/dt = βs(t) i(t) – γi(t)

Na početku epidemije nekim novim infektom sumnjivi su svi, s(0) = 1, a rezistentnih još nema, r(0) = 0. Ako je početno samo jedan inficiran onda imamo i(0) = 1/N ≈ 0.

Sve u svemu, veličine s(t), i(t) i r(t) zadovoljavaju diferencijalne jednadžbe

ds/dt = -βs(t), i(t) dr/dt = γi(t), di/dt = βs(t) i(t) – γi(t)

i početne uvjete

s(0) = 1, i(0)≈1/N, r(0) = 0.

Ovakve diferencijalne jednadžbe obično se rješavaju numerički. Npr. za β = 1/2 i γ = 1/3 numerički dobivena rješenja s(t), i(t) i r(t) izgledaju ovako:

(Na sljedećoj stranici možete eksperimentirati s različitim β i γ)

Pogledajte što se na kraju desilo u ovom slučaju koji inače modelira hongkošku gripu iz sezone 1968/9. Nakon 150 dana više nije bilo inficiranih, i(t) = 0. Rezistentnih je bilo nešto manje od 60%, r(t) = 0.6. Sumnjivih, dakle nerezistentnih, ostalo je nešto više od 40%, s(t) = 0.4.

Kod sljedeće infekcije istim virusom epidemija će početi s vrijednostima r(0) = 0.6, s(0) = 0.4 i i(0) ≈0, tj. počet će na stabilnom kraju gornjega grafa. No, to znači da će u tom stabilnom stanju i ostati (jer se graf dalje ne mijenja). Dakle, populacija je postala stabilna sa 60% rezistentnih i više nije podložna epidemiji nego samo pojedinim slučajevima (kaže se da je postignut „imunitet stada“).

Na kakvo postupanje upućuje model koji za dane β i γ ima rješenje opisanoga oblika?

Ako je smrtnost inficiranih zanemariva, moguća taktika obrane jest da pustite patogen da inficira 60% populacije koja će tako steći imunitet stada.

Ako smrtnost nije zanemariva možda znate koji dio populacije s patogenom nema problema pa, ako je taj dio veći od 60%, možete patogen pustiti da inficira taj dio populacije. Tako će cijela populacija steći imunitet stada, bez žrtava. Naravno, u tom slučaju morate dobro izolirati onaj dio populacije koji s patogenom ima problema, što baš i nije jednostavno. Možda je to švedska taktika u slučaju trenutne korona epidemije: izoliraj stare i bolesne, a mlade puštaj da se inficiraju i stvore imunitet stada za cijelu populaciju.

Ako to nije slučaj onda (do postizanja imuniteta stada) širenje zaraze morate toliko usporiti da vam zdravstveni sustav može prihvatiti i uspješno liječiti sve one koji se ozbiljno razbole. U slučaju trenutne korona epidemije to je u stanju malo koji sustav i stoga ga je potrebno prilagoditi tom pritisku. Kako se to radi pokazuju postupci kojima Hrvatska usporava epidemiju i prilagođava svoj zdravstveni sustav.

Najbolje je, naravno, da imate cjepivo i procijepite 60% populacije. Tako dobijete 60% rezistentnih i imate imunitet stada bez žrtava. Za trenutnu epidemiju, nažalost, cjepiva neće biti još najmanje godinu dana.

No, vratimo se samom modelu. U njemu je problem točno procijeniti parametre β i γ. Parametar γ, tj. dio inficiranih koji u jednom danu izlazi iz infekcije moguće je procijeniti praćenjem oporavaka i smrti. On je, u grubo, recipročna vrijednost trajanje infektivnog perioda, ako je taj period približno isti za sve inficirane.
Parametar β (broj dnevnih susreta u kojima inficirani može prenijeti infekciju) može se procijeniti na posredni način. Promotrimo omjer:

β/γ = βx(1/γ) = (broj opasnih dnevnih susreta po inficiranom) x (broj dana infekcije)
= broj opasnih susreta po inficiranom

Taj omjer c = β / γ zovemo kontaktnim brojem. On mjeri intenzitet zaraznosti patogena i može se procijeniti prateći tok epidemije. Ako znamo γ i c možemo izračunati β.

Naravno, ovaj simplificirani model ima mnoge pretpostavke koje nisu realne; homogenost populacije, dostupnost svakoga svakome itd. Njih uvažavaju sofisticiraniji modeli koji su stoga bliži stvarnosti. No, vjerujem da vam već i ovaj jednostavni model daje bolju sliku (od one koju ste do sada imali) o tome što se zbiva u epidemijama.

Nagrade koje konkuriraju Nobelu opravdano dodijeljene za razvoj tehnologije suvremenih cjepiva. Desetljeća napora

27. listopada 2021. / čita se 11 minuta

Medicina/biologija

Nagrade koje konkuriraju Nobelu opravdano dodijeljene za razvoj tehnologije suvremenih cjepiva. Desetljeća napora

Svakome iz struke smiješno je čuti kako ne znamo od čega se sastoje ova nova cjepiva, piše Tamara Čačev, u članku u kojem opisuje desetljeća istraživanja 'stotina znanstvenika sa mnogo slijepih ulica za koja je trebalo osigurati sredstva, iako neposredna primjena i profit nisu bili na vidiku', a koja su na kraju rezultirala nagradama znanstvenicima u području mRNA tehnologije. Privatne kompanije imale su bolji njuh od onih koji upravljaju javnim istraživačkim fondovima

Najnovije spoznaje o rijetkim nuspojavama različitih cjepiva i usporedbe s efektima zaraze virusom SARS-CoV-2

31. kolovoza 2021. / čita se 6 minuta

pandemija

Najnovije spoznaje o rijetkim nuspojavama različitih cjepiva i usporedbe s efektima zaraze virusom SARS-CoV-2

Studija je obuhvatila preko 1,7 milijuna cijepljenih osoba te su uspoređene s kontrolnom (necijepljenom) skupinom. Analizirano je 25 različitih neželjenih ishoda, poput anemije, infarkta miokarda, moždanog udara, aritmije, venske tromboze, plućne embolije, trombocitopenije i sl., za koje je postojala indicija ili sumnja da bi mogli biti uzrokovani cijepljenjem, piše Marko Močibob i pojašnjava dalje u članku koje rizike cijepljenje zaista povećava a koliko ih (više) povećava Covid-19

Mjehur koji se nikad ne rasprsne. Kako Kina uspijeva svladati svaku krizu, pa i koronu. Dokad?

25. ožujka 2021. / čita se 23 minute

knjige

Mjehur koji se nikad ne rasprsne. Kako Kina uspijeva svladati svaku krizu, pa i koronu. Dokad?

Sljedeća prijetnja zaposlenicima na Zapadu umjesto kineskih radnika bit će kineski roboti, piše Goran Mihelčić u prikazu knjige Thomasa Orlika, vodećeg Bloombergova stručnjaka za Aziju, koji analizira nevjerojatnu otpornost kineske ekonomije na krize. Odličnom uvidu u karakteristike kineske ekonomije Mihelčić dodaje i opis najnovijih događaja te način svladavanja krize uzrokovane koronavirusom